財務公司增值稅計算方法有直接計算法和間接計算法。世界各國普遍采用間接法（扣稅法），我國的增值稅計算也統一采用扣稅法。
直接計算法是指按照產品銷售額扣除法定扣除項目（外購的原材料、固定資產、燃料動力、包裝物等）后的余額作為增值稅，再乘以相應的稅率計算應納稅額的方法。間接計算法也叫扣稅法，是不直接計算增值額，而是采用抵扣稅款的方式計算應納稅額的方法。
增值稅直接計算法其特點是，先計算出商品、勞務流轉額中的法定增值額，然后直接據以計算增值稅稅額。增值稅間接計算法其特點是，先按商品、勞務的課稅全額和適用稅率計算出增值稅總體稅額，然后扣除非增值項目已繳納的稅額，計算出增值稅應納稅額。
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